Во время Олимпийских игр 1972 года в Мюнхене одиннадцать израильских атлетов были взяты в заложники, а затем убиты палестинской террористической группировкой, известной как "Черный Сентябрь". Для возмездия израильское правительство посылает группу агентов Моссада с заданием выследить и уничтожить ответственных за преступление.
По сценарию Тони Кушнера (лауреата Пулитцеровской премии, премии "Тони" и ряда других призов за бродвейский мюзикл "Агнелы в Америке"). В основе сценария - реальные события, которые в свое время чуть было не сорвали проведение Олимпиады. Они были описаны в книге "Месть" Джорджа Джонаса, от которой и оттолкнулся господин Кушнер.
Фильм готовился к съемке, начиная с 2003, но из-за возможности снять "Войну миров" с Томом Крузом реализация проекта была отложена. Долгое время он существовал как безымянный. Название "Мюнхен" было официально объявлено только в конце июля 2005.
Одну из ролей должен был исполнять неизменный в фильмах о евреях Бен Кингсли, но не смог из-за слишком плотного рабочего графика.
В начале декабря, за три недели до релиза, производители фильма объявили о том, что не намерены выпускать пресс-релизов, устраивать специальную премьеру и проводить оскаровскую кампанию. "Официальная стратегия по отношению к этому фильму заключается в том, что он должен говорить сам за себя", - таково было неофициальное объяснение странного поведения студии и Спилберга.